E-Aviation wurde 1997 von Alfred Eisele als Eisele Flugdienst gegründet. 1999 verlagerte das Unternehmen seinen Sitz an den Flughafen Stuttgart. Im Herbst 2018 setzt E-Aviation neben einer Beechcraft King Air C90GTI je zwei Cessna Citation Sovereign, CitationJet CJ4 und CitationJet CJ3 und Citation M2 ein.