Aegean Airlines wurde 1987 als Aegean Aviation gegründet. Anfangs wurden nur Geschäftsflüge mit kleinen Jets durchgeführt. 1994 kaufte der Konzern Vassilakis die Fluggesellschaft und vergrösserte sie mit mehreresn Business Jets. Im März 1999 wurde die heutige Aegean Airlines gegründet, die bereits im Mai 1999 mit zwei Avro RJ100 erste Passagierflüge durchführte. Noch im gleichen Jahr erfolgte der Zusammen­schluss mit Air Greece. 2001 wurde auch Cronus Airlines übernommen. Anfangs 2012 setzt Aegean Airlines drei Airbus A319, 22 Airbus A320 und vier A321 ein. Ein Teil der Flugzeuge ist von Olympic Air angemietet.