Aegean Airlines wurde 1987 als Aegean Aviation gegründet. In der Anfangszeit wurden ausschliessich Flüge mit Business Jets durchgeführt. 1994 kaufte der Konzern Vassilakis die Gesellschaft und baute weiter aus. Die heutige Aegean Airlines wurde 1999 gegründet, und nahm im Mai 1999 mit zwei Avro RJ100 die ersten Linienflüge auf. Im selben Jahr schloss man sich mit Air Greece zusammen und übernahm im Jahr 2001 zudem Cronus Airlines.