Portugalia Airlines wurde im Jahre 1989 gegründet und nahm 1990 die Flüge mit Fokker 100 auf. In den ersten beiden Jahren machte man grosse Verluste. Mehrheitlicher Eigentümer mit 84,35% war die portugiesische Grupo Espirito Santo. 1999 sollte die Gesellschaft an die SAirGroup verkauft werden. Aufgrund von kartell- und europarechtlichen Verzögerungen und später wegen finanziellen Problemen der Swissair kam es nicht zum Verkauf. Eine Schadenersatzforderung der Grupo Espirito Santo in Höhe von 105 Millionen Euro gegen die Insolvenzverwalter der Swissair wurde im Jahre 2003 gerichtlich abgelehnt.