Im November 2023 besteht die Flotte der Marathon Airlines aus einer Embraer 135BJ Legacy, drei Embrear 175, einem Embraer 190 und drei Embraer 195. Weitere Maschinen sollen demnächst dazukommen, wobei bereits jetzt mehrere für Air Serbia betrieben werden. Die heutige SX-MTO war von März 2013 bis Oktober 2021 als EI-RDN bei Alitalia CityLiner im Einsatz.