Der Qarabağ Futbol Klubu stammt ursprünglich aus Ağdam in der historischen Region Karabach. Seit der Besetzung der Stadt im Jahr 1993 durch armenische Einheiten im Rahmen des Konfliktes um Bergkarabach ist der Klub in Baku ansässig, während aus Ağdam eine Geisterstadt wurde. Gemeinsam mit Neftçi Baku und dem PFK Turan Tovuz ist der Qarabağ Ağdam Dauergast in der Premyer Liqası, der 1. Liga des Landes.