Alitalia verkaufte im Jahr 2002 80% der ursprünglich gehaltenen 100% Eurofly-Aktien an eine Finanzgesellschaft, die 2004 auch die restlichen 20% der Anteile übernahm. Mittlerweile gehören jedoch etwa 30% von Eurofly zum Konzern des Prinzen Karim Aga Khan, der in Italien seit vielen Jahren die Meridiana betreibt und (ab 2007) Airlines in verschiedenen Ländern Afrikas gründet, um in diesen Ländern sichere und günstige Luftverkehrsverbindungen zu schaffen.