Ellinair wurde 2013 von der Mouzenidis Group gegründet. Anfangs konzentrierte man sich auf den steigenden Tourismus vor allem aus Russland und der Ukraine. Im Juni 2015 wurden nationale Ziele, 2016 Flüge nach Westeuropa aufgenommen. Der Airbus A320 SX-EMJ fliegt seit März 2018 für Ellinair.