Nachdem der Flughafen von Bratislava keine Einheit mit Wien Schwechat bilden kann, ist SkyEurope gezwungen, umzustrukturieren. Die meisten Flüge werden von Bratislava nach Wien gelegt; in Wien wird SkyEurope zur zweitgrössten Airline. Die Flüge Bratislava-EuroAirport wurden zum Winterflugplan 2007/8 beendet. Auf eine Wiederaufnahme ab Wien ist zu hoffen.