Anfang des Jahres 1998 gründete Condor die Condor Berlin GmbH, eine 100-prozentige Tochtergesellschaft mit Sitz in Berlin-Schönefeld. Bis zu deren Integration in die Muttergesellschaft am 1. Mai 2013 bedient sie mit mehreren Airbus A320-200 Ziele auf der Kurz- und Mittelstrecke.