Der Direktor des Flughafen Basel-Mulhouse wird traditionell von der Schweizer Seite portiert. Gemäss Staatsvertrag von 1949 müssen der Direktor und der Vizedirektor verschiedene Staatszugehörigkeit besitzen. Zu den Aufgaben des Direktor gehören die Umsetzung der Beschlüsse und Zielsetzungen des Verwaltungsrats sowie die Verantwortung allgemein über alle wirtschaftlichen und geschäftlichen Aktivitäten des Flughafens.