Neos wurde 2001 vom Reiseveranstalter Alpitour gegründet. Teilhaber waren je zur Hälfte die IFIL Finanziaria di Partecipazioni, der Mutterkonzern des Reiseveranstalters Alpitour, und Hapag-Lloyd, damals Teil des deutschen Touristikkonzerns TUI. Ab Januar 2004 übernahm IFIL die vollständige Kontrolle über das Unternehmen, Neos ist heute die offizielle Fluggesellschaft von Alpitour.