Ellinair wurde 2013 von der Mouzenidis Group gegründet. Anfangs konzentrierte man sich auf den steigenden Tourismus vor allem aus Russland und der Ukraine nach Griechenland. Ab 2015 wurden nationale Ziele und auch Flüge nach Deutschland aufgenommen. Die Flotte besteht aktuell aus je zwei Airbus A319 und A320, sowie zwei von GetJet eingemieteten Boeing 737-300.